净化车间操作完毕后，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。净化车间的应用非常广泛，目前在半导体、光电子、生物工程等众多行业均有应用，根据行业的精密与无尘要求，等级差别也较大。
净化车间清洁的环境还可延长净化工作台的使用寿命，凡与洁净室工作无直接关系的物品一律不能放入，以利保持无菌状态。食品净化工程的空气与外界空气应隔绝，预留的通气孔道应尽量密闭。通气孔道可设上下气窗，气窗面积宜稍大，需覆上4层纱布作简朴滤尘。在一天工作之后，可开窗充分换气，然后再予以密闭。在净化工作台安装前，要确定工作台的安装位置，保持净化车间内的干燥和环境的洁净，湿润的空气既会使制造材料锈蚀，还会影响电气电路的正常工作，湿润空气还利于细菌、霉菌的生长。
净化工作台进风口在背面或正面的下方，金属网罩内有一普通泡沫塑料片或无纺布，用以阻拦大颗粒尘埃，应该经常检查、拆洗，做好日常净化工程的清洁工作。
前两类净化车间空气净化方法，在制药工业都可能用到。例如固体制剂的许多工艺中，粉体在干燥状态下进行处理，必然会产生粉尘。为防止其扩散和污染空气，产尘部位常采用局部排风措施。为了回收排风带走的物料及防止污染室外大气，通常排风要经过重力沉降室、靠离心力或惯性力使固气分离的旋风除尘器、多管除尘器。有的净化车间还要设置布袋过滤器或其他型式的过滤器阻留下排风中更小的尘粒。在净化车间空调送风系统中及车间内将定期采用甲醛等消毒剂熏蒸或喷洒，在非工作班车间采用紫外线灯照射等方式以达到灭菌的目的等等。
