随着现代科学技术的发展，各食用菌的营养成分和药用价值不断被揭示，其食用与药用价值也更受重视。然而，由于食用菌的自身特性和在精深加工以及流通环节的某些违规操作，致使其产品存在一定安全隐患，其中主要有农药、重金属污染，甲醛、二氧化硫残留，转基因成分以及生物性污染等。世界各地高度重视食用菌食品的质量安全检测，投入大量的人力物力进行相关检测监控，保障我国食用菌产业的健康发展，势在必行。
科学地分析食用菌的主要质量安全问题，只有重金属和农残超标两个问题.造成食用菌的质量安全问题更多的是流通环节中的违规和违法，如，不法商贩使用非饮用水浸泡菇体增重导致重金属超标；为了保鲜和改善卖相，违规使用荧光增白剂漂洗白色的食用菌。近年见诸媒体的食用菌“荧光增白剂、甲醛、工业柠檬酸”等质量安全问题也引起了人们的关注和质疑。
药残留问题已经成为影响食用菌产品质量安全问题的关键因素。早期的农药残留检测分析技术一般于微生物法、比色法和化学分析法。目前的农药残留检测分析技术应用比较普遍的是高效液相色谱(HPLC)、气相色谱(GC)及其联用技术等。气相色谱可分析农药的多残留，但不适应现场检测。
食用菌检测范围：草菇、蘑菇、黑木耳、银耳、猴头菇、平菇、金针菇、双孢菇竹荪、松口蘑（松茸）、口蘑、红菇、茶树菇、杏鲍菇、阿魏菇、牛肝菌等及其制品。
食用菌检测项目：依照国家标准《食品安全国家标准食用菌及其制品》GB7096-2014进行检测。检测项目主要有感观、水分、米酵菌酸（银耳及其制品）、重金属（铅、汞、镉、砷等）、微生物（金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠埃希氏菌等）、农药残留（百菌清、除虫脲、代森锰锌、氟氰戊菊酯、氟氯氰菊酯和高效氟氯氰菊酯等）。
