医院净化手术室在空调设备的混合段，室外新风经过低效空气过滤器将尘埃、杂物等初次过滤后与来自室内的回风混合，经温湿度处理室进行热、湿处理后，由送风机送入送风管道途经中效空气过滤器二次过滤后，送至高效空气过滤器Zui后进入房间。为改善设备运行过程中产生的噪音大的问题，宜在送风管道上设置消声器。如此循环往复，就可以在一定时期内把控制室的污染控制在一个相对稳定的水平。
洁净空调系统主要的能源浪费方式是净化手术室洁净空调系统设计方案不合理和运行方式错误。选择合理的空气处理流程，均匀的气流组织，合适的换气次数等运行方案是降低能耗的关键。此外净化手术室洁净空调系统应同时兼顾舒适性与安全性，并减少病原体之间的传播，这也是医院建筑系统设计的核心。
从净化手术室空调系统节能的角度出发，洁净空调系统因大的新风量和换气次数等产生的能耗和耗电量远远高于其他系统，因此，对净化手术室空调系统设计、施工及管理等方面需要进行必要的节能探究。
从提高净化手术室室内空气品质的角度出发，我国的高浓度化学污染和微生物污染严重，所造成的空调系统二次污染问题突出，因此需要改善新风的质、避免有害微生物接触空调机组积尘积水表面。
