(1)要配备专门人员管理维护净化系统。
(2)应制订适合各单位具体情况的手术室净化系统运行管理制度，如岗位责任制度，交接班制度，检测制度，设备维护、检修制度等。
(3)应强调各工种间的相互配合。
在洁净手术室的日常运行中，除需严格遵守各项规章制度外，还应注意以下问题:
1)洁净手术室系统在调整完毕后，应将调节阀门加以固定，运行中不得随意改动。当一个系统中连接有几个排气点时，若某一排气点的工艺设备停止运行，该排气罩也不宜关闭，以免改变其它排气罩的排风量。
2)一般除尘装置应在净化设备启动之前启动，在洁净手术室设备停止运行5分钟后再关闭，以防止粉尘等物质在设备和风管内沉积。为防止电动机启动时过载，特别是对于高温烟气净化系统，可调节总阀门开度，在减小风量情况下启动。
3)运行时应记好运行日志。日志内容包括换班时间与文接班情况，当班时间内设备运行情况，各种设备的启停时间及其原因等.，当设备发生故障时，应详细记载发生故障的原因、情况及对检修的参考意见等，洁净手术室运行时要记录净化系统的有关参数。
4)应加强洁净手术室设备的日常维护。日常维护的主要任务是消除设备、管道、排气罩、清扫孔、观察孔、排灰阀等处的漏风，调节好系统的供液量、风量和风压。排除一切可能发生的故障隐患。
5)定期清除管道内和设备内的积尘等沉积物.
6)加强设备的检修，要根据实际情况决定手术室净化检修的内容、时间、方法和要求等。
