1.研发 费 用影响企业进行高新技术企业认定及后续管理
《高新技术企业认定管理办法》规定，研发费用是高企认定的必要条件之一，被细化为研究开发费用占比、境内研究开发费用占比和其他费用占比等具体指标，只有满足高新技术企业认定的8个条件，方可向认定机构提出认定申请，通过认定的高新技术企业，3年的有效期内的每年5月底前需要填报研发费用、经营收入等数据，向认定机构报送企业年度发展情况报表。
2.研发 费 用影响企业计算研发费用加计扣除
《研发费用税前加计扣除归集范围》规定的税前加计扣除研发费用范围与《加强研发费用财务管理的若干意见》规定的研发费用范围、《高新技术企业认定管理办法》规定的研发费用范围不同，税前加计扣除口径对研发费用进行了严格的限定，如果归集错误，将影响企业加计扣除基数的计算，进而影响企业所得税应纳税额的计算。
3.研发费用影响企业享受小微企业普惠性税收减免优惠
研发费用归集影响加计扣除，进而影响企业所得税应纳税所得额的计算。高新技术企业在年度汇算时享受固定资产一次性税前扣除和研发费用加计扣除优惠政策后，只要应纳税所得额不超过300 万资产总额不超过5000 万、从业人数不超过300人的，可以选择适用对自己更为有利的小微企业普惠性税收减免政策，如果归集错误，只能适用减按15%税率征税，不利于企业节约税收成本。
