社会稳定风险评估机制是在党委和政府领导下的一种新型的公民参与决策模式，是对传统行政决策模式的重大变革，在实施过程中受到认识水平、评估技术、责任追究等问题的制约，这项制度的推进过程中还存在以下几方面的难点：
1.对社会稳定风险评估认识上的障碍
在风险评估机制的推行中，地方职能部门和干部出现了一些错误的认识。其一，对社会稳定风险评估的内涵认识不足。如有的干部把“社会稳定风险评估”等同于经济评价和建设项目的环境影响评价，成为典型的为评估而评估;有的干部把社会稳定风险评估看做是党政机关内部自我评估，根据领导的需要来决定风险等级以及应对措施，把社会稳定风险评估变成推卸责任的“挡箭牌”，致使评估流于形式。其二，对社会稳定风险评估的功能认识不足。一些干部担心社会稳定风险评估机制的推行会影响地方发展和城市建设，对社会稳定风险评估还心存疑虑，担心这一机制会影响项目的推进，进而影响地方的发展速度。受“一把手”决策惯性思维的影响，有些地方干部习惯于自上而下的决策模式，对社会稳定风险评估的推行在思想上还有抵触，认为这会增加决策程序，影响决策效率。其三，对社会稳定风险评估机制如何运行的认识不到位。社会稳定风险评估是决策部门、经济发展部门、民生保障部门和政法维稳部门之间相互协同配合的过程。因此，社会稳定风险评估在实施过程中涉及内容多、影响面广，这不仅是政法机关或维稳部门的责任，还涉及政府行政管理的各个部门和各个环节。在推进过程中，由于各部门所处的立场不同，对风险评估的认识还不尽相同，有的部门存在重发展、重项目，而轻评估、怕评估的观念。
2.风险点的识别与科学测量难
社会稳定风险源于传统意识形态和社会控制机制逐渐失效，而新的社会治理机制尚未形成。风险政治的逻辑出发点不仅仅是事实性的，而且也是规范性的：不仅有现实性的一面，也有非现实性的一面。(12)当前，我国正处于经济与社会转型时期，利益诉求日趋多元化，社会稳定风险的来源是多方面的：历史的因素和现实的因素，人为的因素和政策、法律因素往往相互交织在一起。风险点既有群众的利益诉求过高所引发的，也有现有的政策、规章和法律滞后于现实发展的原因，还有的是历史遗留问题诱发的。此外，社会稳定风险与社会环境密切相关，尤其是政府的公信力对风险起到决定性作用。“一个系统需要信任作为输入条件，缺乏信任会形成恶性循环，系统就无法在不确定性和有风险的环境中激发起支持行动”。(13)在地方政府与公众信息不对称的情形下，如果地方政府公信力缺失，无论地方政府出台的重大项目或重大政策具有多大的可行性、合理性和合法性，民众都会提出质疑。因此，在决策和政策出台前，通过界定利益相关方，充分运用问卷调查、民意测验、听证会、专家咨询、访谈等多种形式，对评估事项广泛征求群众意见，并对利益诉求进行合理分类、进行风险定级，这在技术层面能测量出客观风险指标。但是对满意度、信任、社会心态等影响社会稳定风险的主观指标还很难设计出一套有效的、标准化的识别和测量体系，这在一定程度上影响了风险评估可靠性。
3.社会稳定风险评估的责任追究难
社会稳定风险评估机制嵌入到了我国地方政府的原有决策模式之中，在一定程度上改变了原有的决策程序，对地方政府的决策起到了一定的纠错功能。在实际运作中存在以下几种情况：其一，上级要求地方必须贯彻落实的项目和政策。这类事项如果在评估中存在风险，为了保证顺利推进，地方政府往往采取提高利益补偿标准的方式。但是，这种做法为其它重大项目和政策的推进埋下了风险隐患。一旦社会风险产生“翻烧饼”或“涟漪”效应，风险产生的责任就难以界定。其二，地方多个部门联合推动的重大事项。由于重大事项由地方各部门共同推进，各部门之间的权力和职责交叉，风险的界定难以清晰，这就导致在进行责任倒查的过程中各部之间相互推诿。其三，重大事项的社会风险具有扩散性和传染性。社会稳定风险是网络时代的系统性风险，风险认知由于网络发达而被加强，社会稳定风险因此变得极具扩散性和传染性，任何一点小的信息符号就能导致人们的无限猜想，从而带来风险的扩大化。甚至民众会把某个特定的风险感知扩大到整个制度层面。(14)这类社会风险责任难以界定。其四，社会稳定风险具有变动性。对重大事项的风险评估，在评估阶段风险低，但在执行中却产生极高的风险的情形，造成责任倒查中的责任主体难以界定。目前，我国的社会稳定风险评估还停留在地方性的制度层面，还未进行立法，对重大决策社会稳定风险评估责任界定和倒查，还缺乏法律的刚性约束力，这必然会影响评估制度的实效。
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