社会稳定风险评估机制的基础理论研究不足，评估缺乏科学系统的理论支撑
由于社会稳定风险评估机制在地方还处于起步阶段，2008年后才逐步进入学者研究的视野，学术界对社会稳定风险评估理论层面的研究还在探索阶段。
该理论构建社会稳定风险体系：作为燃烧物质的重大事项、作为助燃剂的利益诉求、舆论与沟通、作为点火温度的重大事项的实施方式这些理论对社会稳定风险评估进行理论构建，探索了社会稳定风险评估的内在规律，但是尚未进入实践应用层面。由于理论基础研究的欠缺将制约社会稳定风险评估机制的运行、效益的提高和持续推进。
此外，第三方机构的评价也只侧重于外部社会风险指标的定量计算，对政府体系内运作过程因职责交叉、利益阻碍所产生的社会风险认识和评估不足。
目前，我国地方政府一般采取如下决策程序：决策动议—分管领导负责—部门牵头—调查研究—形成初步可行性报告—部门审议—上交政府常务会议或党的常委会讨论。
从各地的实践分析，社会稳定风险评估只是在部门牵头过程中的一个环节，社会稳定风险评估机制建立后，地方党委和政府决策程序一般改变为：决策动议—分管领导负责—部门牵头—调查研究+社会稳定风险评估—形成初步可行性报告+稳定风险评估报告—部门审议—上交政府常务会议或党的常委会讨论。在决策过程中，社会稳定风险评估极易成为可有可无的装饰机制。其一，我国地方决策中“一把手”主导的特点十分明显，因此社会稳定风险评估机制与原有的地方政府决策模式之间嵌入的有效性，很大程度上取决于“一把手”对社会稳定风险评估机制的认识水平和重视程度。地方“一把手”在强大的发展压力下，大型工程和商业项目具有非常强吸引力，对风险评估存在排斥心理。其二，部门在实施社会稳定风险评估时，受到部门利益的影响，对主观上会轻视重大事项中的潜在的社会风险。其三，在常委会的决策讨论中，由于常委会成员各有分工领域，在讨论不属于自己的分工领域时，受到专业知识和人情因素的制约，很难对其他常委会成员分管的专业领域内的社会稳定风险评估报告提出针对性的问题和建议，从而使得评估形式化。
社会稳定风险评估是通过对重大决策和重大项目实施前合法性、合理性、可控性、可行性的科学论证和判断，增强决策的科学化与民主化，为化解社会矛盾与纠纷、提升社会和谐与稳定程度发挥作用。
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